Πλένετε και προετοιμάζετε τα κολοκυθάκια για ψήσιμο. Αφαιρείτε τις άκρες τους και στη συνέχεια τα κόβετε κατά μήκος σε λεπτές φέτες. Τα αλείφετε με λάδι, τα αλατοπιπερώνετε και τα απλώνετε στη σχάρα ή τα στρώνετε το ένα δίπλα στο άλλο σε αντικολλητικό ταψί. Τα ψήνετε στο φούρνο στους 220 ˚C για 8′-10′ περίπου.
Όσο ψήνονται τα κολοκυθάκια, ετοιμάζετε τη γέμιση ως εξής: Κόβετε σε λεπτές ροδέλες τη μοτσαρέλα και τις ντομάτες. Στρώνετε σε ένα ορθογώνιο λαδωμένο ταψάκι μερικές φέτες ψημένων κολοκυθιών, μέχρι να καλυφτεί ο πάτος.
Κατόπιν καλύπτετε τα κολοκυθάκια με ροδέλες ντομάτας και μοτσαρέλας και πασπαλίζετε με αλατοπίπερο, σκόρδο και βασιλικό. Επαναλαμβάνετε τις στρώσεις μέχρι να τελειώσουν τα υλικά. Περιχύνετε με το υπόλοιπο ελαιόλαδο. Ψήνετε για 10′ στους 180°C - 200°C το μέχρι να λιώσει το τυρί και σερβίρετε αμέσως.