Βράζετε τα ζυμαρικά σε αλατισμένο νερό σύμφωνα με τις οδηγίες της συσκευασίας. Ζεσταίνετε το λάδι σε αντικολλητικό τηγάνι και σοτάρετε τις πιπεριές και τα κρεμμύδια.
Μόλις σοταριστούν τα κρεμμύδια και οι πιπεριές, ρίχνετε τις φρέσκες ντομάτες ή τα ντοματάκια, αλατοπιπερώνετε και προσθέτετε προαιρετικά το μοσχοκάρυδο. Μαγειρεύετε μέχρι να εξατμιστούν τα υγρά.
Μόλις η σάλτσα δέσει, ρίχνετε τον τόνο, τον κομματιάζετε με ένα πιρούνι και ανακατεύετε. Προσθέτετε και την κάππαρη, αναμειγνύετε τα ζυμαρικά με τη σάλτσα τόνου και σερβίρετε.