Ξεκοκαλίζουμε τον μπακαλιάρο και αφαιρούμε τις πέτσες. Κόβουμε την ψίχα του με το χέρι σε μικρά κομμάτια. Ψιλοκόβουμε το σκόρδο, το κρεμμύδι, το μαϊντανό, την ντομάτα και ρίχνουμε τον πελτέ, τη μαντζουράνα, βάζουμε λάδι και ρύζι και τα αναμειγνύουμε με νερό (μισό ποτήρι). Τα βάζουμε στο ταψί πάνω από το ένα φύλλο και τα σκεπάζουμε με το φύλλο που ανοίξαμε από τη δεύτερη ελαφρώς μικρότερη μπάλα ζύμης. Ραντίζουμε το φύλλο στο πάνω μέρος με λίγο λάδι και νερό (ή ένα αυγό προαιρετικά) και ψήνουμε την μπακαλιαρόπιτα στο φούρνο στους 200 βαθμούς για 1 ώρα.