Ψιλοκόβετε το σκόρδο και το κρεμμύδι και τα σοτάρετε στο λάδι, σε αντικολλητική κατσαρόλα, μέχρι να μαραθούν. Προσθέτετε την ντομάτα μαζί με το κρασί και βράζετε για 30’. Αποσύρετε από τη φωτιά και προσθέτετε στη σάλτσα το μαϊντανό και λίγο μοσχοκάρυδο.
Βράζετε τα σπαγγέτι σε άφθονο αλατισμένο νερό -σύμφωνα με τις οδηγίες της συσκευασίας τους- και τα στραγγίζετε. Τα ανακατεύετε με τη σάλτσα της ντομάτας, την κεφαλογραβιέρα και τη φέτα.
Τοποθετείτε το μισό μείγμα με τα ζυμαρικά κυκλικά σε αντικολλητική στρογγυλή φόρμαι διαμέτρου 20-22 εκ. με σχετικά ψηλά τοιχώματα. Απλώνετε τα βραστά αυγά και το μπρόκολο, πασπαλίζετε με πιπέρι και από πάνω ρίχνετε τα υπόλοιπα ζυμαρικά. Ισιώνετε την επιφάνεια του φαγητού.
Ψήνετε στο φούρνο για 40’ στους 180 °C, μέχρι να ροδίσει η επιφάνειά του. Το αφήνετε να «σταθεί» για 15’ προτού το σερβίρετε, κομμένο ακτινωτά σε τριγωνικά κομμάτια.