Σε μεγάλο αντικολλητικό τηγάνι ζεσταίνετε το ελαιόλαδο σε μέτρια φωτιά. Σοτάρετε τα κρεμμύδια και τα πράσα για μερικά λεπτά να γυαλίσουν. Προσθέτετε τη ντομάτα και συνεχίζετε το σοτάρισμα μέχρι να πιουν τα υγρά τους. Αλατοπιπερώνετε.
Προθερμαίνετε το φούρνο στους 200°C.
Σε μέτριο μπολ, ανακατεύετε την κολοκύθα και τις πατάτες με 3/4 του φλιτζανιού κρέμα γάλακτος, 1/2 φλιτζάνι κεφαλογραβιέρα, λίγα από τα μπαχαρικά (φασκόμηλο και μοσχοκάρυδο) και αλατοπιπερώνετε.
Ρίχνετε το γάλα σε ένα ταψάκι και σκεπάζετε με το 1/3 από τα λαζάνια. Στη συνέχεια απλώνετε το μισό μείγμα της κολοκύθας και το μισό μείγμα πράσων και κρεμμυδιών. Σκεπάζετε με άλλη μία στρώση λαζάνια.
Απλώνετε άλλη μία στρώση με μείγμα κολοκύθας και μείγμα κρεμμυδιών-πράσων. Ανακατεύετε το μείγμα κολοκύθας που έχει περισσέψει με την υπόλοιπη κρέμα γάλακτος και καλύπτετε το τελευταίο στρώμα λαζάνια, πασπαλίζοντας με 1 φλιτζάνι τριμμένη κεφαλογραβιέρα, και σκορπίζετε κομματάκια βούτυρο.
Σκεπάζετε το σκεύος με αλουμινόχαρτο και ψήνετε στο φούρνο για 20 περίπου λεπτά. Αφαιρείτε το αλουμινόχαρτο και συνεχίζετε το ψήσιμο για άλλα 15΄μέχρι να πάρει χρώμα