Στρώνετε τη λαμαρίνα του φούρνου (το ταψί δηλαδή που έχει ελάχιστου ύψους τοίχωμα) με αντικολλητικό χαρτί ψησίματος.
Ανακατεύετε σε ένα μπολ το ξύσμα του 1 λεμονιού με λίγο πιπέρι, ρίγανη και ξερό κρεμμύζι σε σκόνη, αν χρησιμοποιήσετε.
Καθαρίζετετε τα κρεμμύδια και τα κόβετε σε ροδέλες. Κόβετε σε ροδέλες και το δεύτερο λεμόνι. Απλώνετε τις ροδέλες των κρεμμύδιων και λεμονιού στο αντικολλητικό χαρτί, αλείφετε με ελαιόόλαδο και αλατοπιπερώνετε.
Τοποθετείτε τις τσιπούρες επάνω από τα κρεμμύδια και τα λεμόνι, τις αλείφετε με ελαιόλαδο και τις πασπαλίζετε καλά με το μείγμα του ξύσματως και των ξερών αρωματικών μέσα-έξω.
Ανάβετε το φούρνο στην ένδειξη του γκριλ στους 200° C και βάζετε τη λαμαρίνα με τα ψάρια στη μέση περίπου (ή ελάχιστα πιο πάνω). Ψήνετε τα ψάρια 8'-9' απ' τη μια μεριά, να αποκτήσει χρώμα η πέτσα τους, βγάζετε τη λαμαρίνα, γυρίζετε τα ψάρια απ' την άλλη και ψήνετε άλλα 7'-8'.
Χτυπάτε ⅔ φλιζτάνι ελαιόλαδο με τον χυμό του 1 λεμονιού (αυτού που χρησιμοποίησατε το ξύσμα) και λίγο ακόμη από το μείγμα των μυρωδικών, περιχύνετε τις τσιπούρες και τις σερβίρετε με τα αχνιστά κρεμμύδια.